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# R
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# UMR-ASTRE curated reference materials
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## Introduction
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This is a list of reference materials that people at UMR-ASTRE have found particularly helpful for teaching and learning.
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- [Projet utilitR](https://www.utilitr.org/). Tutoriels de l'Insee, en Français. Introduction à R, importation et traitement de données.
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Preferably, they are available on line. But we might point to printed books if no replacement is publicly available. We can provide you with any book you may be interested in. Just ask.
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- Serge-Étienne Parent (2020). Analyse et modélisation d’agroécosystèmes. Livre [en ligne](https://essicolo.github.io/ecologie-mathematique-R/index.html). En Français. Peut servir comme intro à R, importation et traitement basique de données (Ch. 2-3), visualisation (Ch. 4) et intro à la modélisation LM et GLM et Biostatistiques (Ch. 6).
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Many materials are in English, but we specifically gathered alternatives in French.
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## Analyse de données et modélisation
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- [R](R)
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- The Epidemiologist R Handbook. Un livre [en ligne](https://epirhandbook.com/) collaboratif orienté épidémiologie, en Anglais. Intro à R, importation et traitement de données, etc. Un chapitre (19) dédié au modèles de regréssion LM et GLM.
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- [Statistics][Statistics]
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- Data Skills for Reproducible Science (2021). Un livre [en ligne](https://psyteachr.github.io/msc-data-skills/), en Anglais. Un chapitre (9) dédié aux GLM.
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- Michael Franke (2021). An Introduction to Data Analysis. Livre [en ligne](https://michael-franke.github.io/intro-data-analysis/index.html).
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- Serge-Étienne Parent (2020). Analyse et modélisation d’agroécosystèmes. Livre [en ligne](https://essicolo.github.io/ecologie-mathematique-R/). En Français.
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- Rob J Hyndman and George Athanasopoulos (2021). Forecasting: Principles and Practice. Livre [en ligne](https://otexts.com/fpp2/)
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- Virgilio Gómez-Rubio (2021). Bayesian inference with INLA. Livre [en ligne](https://becarioprecario.bitbucket.io/inla-gitbook/).
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## Traitement de données géographiques et spatiaux
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- Robin Lovelace (2021). Geocomputation with R. Livre [en ligne](https://geocompr.robinlovelace.net/).
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- Rspatial (2021). Spatial Data Science with R. Livre [en ligne](https://rspatial.org/)
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- Edzer Pebesma, Roger Bivand (2021). Spatial Data Science with applications in R. Livre [en ligne](https://deploy-preview-52--keen-swartz-3146c4.netlify.app/).
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## Programmation et développement de packages
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- Hadley Wickham (2021). R Packages. Livre [en ligne](https://r-pkgs.org/). En Anglais.
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# Statistiques bayésiennes
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## Niveau basique
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Vous voulez comprendre les idées de base et gagner une intuition de comment cela fonctionne.
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- [Cet article](https://www.nytimes.com/2020/08/04/science/coronavirus-bayes-statistics-math.html?smid=em-share) de The New York Times est une bonne introduction des idées.
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- [Celui-là](https://psyarxiv.com/ph6sw) est une introduction concise écrite en forme d'article, dirigée à des chercheurs intéressés, comme toi. Elle donne aussi des références pour creuser sur chaque un des sujets. Je pense que c'est très bien. En fait, j'aimerais avoir ton retour pour savoir si c'est accessible.
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- Enfin, il y a un [cours complet](https://oliviergimenez.github.io/bayesian-stats-with-R/) en ligne où tu peux piocher ou parcourir les diapos (celles du point 8 sur mixed models peuvent être pertinentes !). |
